Penijõe mõis (saksa keeles Pennijöggi) oli rüütlimõis Lihula kihelkonnas Läänemaal. Nüüdisajal jääb mõis Pärnu maakonda Lääneranna valda.
Mõis rajati 17. sajandi algul.
Mõis kuulus 20. sajandi algul Wetter-Rosenthalidele ja viimane (1919. aastal) omanik oli Johannes von Wetter-Rosenthal.
Tänapäeval on mõisa peahoone muudetud Matsalu looduskaitseala keskuseks, kus on ka looduskaitseala tutvustav muuseum. Wikipedia